Die heutige Marienbasilika wirft im Kirchenbau einige Rätsel auf. Denn es gibt nachweislich bis heute keine genauen Funde bzw. Dokumente, wann mit dem Bau des ursprünglichen Kolberger Doms begonnen wurde. Es spricht wohl einiges für den Zeitraum um 1300. Erstmalig wurde das Bauwerk 1316 erwähnt. Als erstes wurde das Hauptschiff mit zwei Nebenschiffen, dem unteren Teil des Turmblocks - bis zum ersten Gesims - und dem Südturm errichtet. Verwunderlich sind kleine Unförmigkeiten in dem östlichen Teil des Hauptschiffes, die darauf zurückzuführen sind, dass während der Bauzeit an der Stelle des heutigen Presbyteriums noch eine ältere Kirche stand, die weiterhin genutzt wurde. 1321 wurde die erste Bauetappe beendet. Außerdem ist zu vermuten, dass. infolge einer Bodensenkung im 14. Jahrhundert die vier Paare der Pfeiler im Hauptschiff oben etwa 60 cm auseinander klafften. Eine weitere Annahme ist, dass auf Grund dieser Verformung das Gewölbe einstürzte. All dies muss bis Ende des 14. Jahrhunderts stattgefunden haben, da die aus dieser Zeit stammende Gewölbemalerei keine größeren Verformungen aufwies. Bis zum Ende des 15. Jh. war die räumliche Gestaltung des Domes abgeschlossen. Es entstand ein Baukörper mit 5 Schiffen, von zwei riesigen Dachflächen gedeckt, innen mit einem langen, deutlich abgegrenzten Presbyterium und einem gewaltigen Turmblock mit 3 Turmhelmen. Die Ausmaße zeigen eine Länge von 69 m, dabei ist das Presbyterium 22 m lang, eine Breite von 42 m und eine Turmhöhe (Mittelhelm) von 74 m. Der Domumriss prägt seither das Stadtpanorama. Zu bewundern ist diese Kulisse auch auf alten Stichen, wobei die Basilika die anderen Stadtgebäude überragt. Der Turm wurde als Orientierungshilfe in Seekarten eingetragen. Während des II. Weltkrieges, im März 1945, brannte der Innenraum der Kirche gänzlich aus, teilweise wurde auch Außenmauerwerk beschädigt. Erst beim Besuch des Papstes Johannes Paul II 1986 wurde die Kirche in den Rang einer Marienbasilika erhoben.