Die erstmals im Jahr 1323 urkundlich erwähnte Johanneskirche ist international für ihre einzigartige Sammlung individuell modellierter Terracotta-Figuren bekannt. Trotz aller historischen Turbulenzen im Laufe der Jahrhunderte, trotz Naturkatastrophen, Bränden und kriegerischen Unruhen sind mehr als 1000 Figuren bis auf den heutigen Tag erhalten geblieben. Der ursprüngliche Umfang der Sammlung übertrifft die Gesamtzahl aller übrigen mittelalterlichen Terracotta-Figuren aus der westlichen Welt. Die Kirche ist in ihrer heutigen Form das Ergebnis einer Reihe von Abwandlungen des ursprünglichen Bauplans und späterer baulicher Veränderungen. Die dreischiffige Basilika mit dem mächtigen Westturm ist über eine polygonale Apsis mit dem länglichen Chor verbunden, wobei sich die Sakristei an die Nordseite des Chors anschließt. An der Südseite des Mittelschiffs stand einst die sogenannte Lübecker Kapelle (eine Reminiszenz an die Mitgliedschaft Tartus in der Hanse). Das vierteilige Maßwerk des Hauptfrieses umzieht die Außenmauern des Turms und setzt sich im oberen Teil der Seitenschiffe fort. Ein zweiter Fries von Halbfiguren umringt den oberen Bereich des Turms. Dieser Fries zierte ursprünglich auch die Mauern des Hauptschiffes. Das Westportal wird von einem imposanten Ziergiebel geschmückt, in den 15 Nischen mit Figuren eingelassen wurden. Das Kircheninnere war am reichhaltigsten verziert. In ganz besonderer Weise ist die Zone an der Oberwand zwischen den Arkaden und dem Lichtgaden gestaltet. Diese werden von einer Reihe Nischen vereinigt und bilden so die Illusion eines Triforiums, unter dessen Baldachinen weitere Figuren sitzen. In der Westmauer des Mittelschiffes befindet sich ein Thronender Christus (Majestas Domini) mit sechs Heiligenfiguren. Die Kirche wurde im Jahr 1708 im Verlauf des Großen Nordischen Krieges schwer beschädigt und in veränderter Form wieder aufgebaut. An der Südseite entstanden neue Anbauten wie die Münnich-Kapelle mit ihrem formschönen Barockportal. Beim umfassenden Umbau der Kirche in den 20er Jahren des 19. Jahrhunderts wurden zahlreiche der Originalfiguren entfernt. Ein Großbrand der Kirche im August 1944 verursachte schwere Schäden. Im Jahr 2005 wird die Kirche nach sechzehnjährigen Restaurationsarbeiten im alten Glanz wiedererstehen und den Bürgern Tartus als Gotteshaus und Konzerthalle zur Verfügung stehen.

Die Kathedrale von Tartu ist der imposanteste Sakralbau der Backsteingotik im Gebiet des alten Livlands. Der Bau der Kirche begann in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts und wurde im 16. Jahrhundert abgeschlossen. In den ursprünglichen Plänen erscheint die Kathedrale noch als dreischiffige Basilika mit 8 Jochen. Im Verlauf der Bauarbeiten ergab sich jedoch ein Wandel zugunsten einer Hallenkirche, deren Mittelschiff im 14. Jahrhundert in Form einer Basilika fertiggestellt wurde. Die Anbringung von Nischen in Triforium ist eine Seltenheit für Kirchen des alten Livlands. Die Umgestaltung des Altarraums der Basilika zum Hallenaltar mit Säulengang und axialem Stützpfeiler, aber ohne Kapellenkranz wurde im Jahr 1470 abgeschlossen. Ein Großteil der architektonischen Veränderungen dieser Zeit soll auf den Einfluss böhmischer Baumeister zurückgehen. Um das Jahr 1500 entstand der massive Westteil der Kirche mit einem doppelten Turm. Aus einigen strukturellen Elementen der Türme lässt sich schließen, das dieser Umbau auch militärische Zwecke verfolgte und der Stärkung des städtischen Verteidigungssystems dienen sollte. Im Gefolge der Reformation wurde ab 1525 ein Großteil der Kunstschätze innerhalb der Kirche zerstört. Zahlreiche Kriege in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts führten zum Verfall des Gebäudes – und wurde durch einen Brand im Jahr 1624 noch beschleunigt. Bei der Gestaltung eines neuen Verteidigungssystems nach 1760 wurden die oberen Geschosse der Doppelturmstruktur abgerissen. Nach der Wiedereröffnung der Universität wurde zwischen 1804 und 1806 der Altarraum nach Plänen des Universitätsarchitekten J-W. Krause restauriert und umgebaut, um die neue Universitätsbibliothek aufnehmen zu können. 1927-1928 wurde die Bibliothek erweitert, blieb aber bis zum Jahr 1982 und dem Umzug in ein modernes Gebäude ihrer historischen Umgebung treu. Seither wird der gesamte östliche Teil der alten Kathedrale als Historisches Museum der Universität genutzt. Die Restauration des Gebäudes findet unter der wissenschaftlichen Aufsicht der Universität statt. Es ist geplant, auf der alten Doppelturmstruktur Beobachterplattformen für Besucher einzurichten.